STOVIA ditutup di tahun 1927 pada usianya yang ke-75 tahun. Sebagai penggantinya, didirikan Sekolah Tinggi Kedokteran di tahun 1927 melengkapi kehadiran 4 Sekolah tinggi lainya yang tersebar di beberapa kota. Keempat sekolah tersebut yaitu: Sekolah Tinggi Tehnik di Bandung (1920), Sekolah Tinggi Hukum di Batavia (1924) dan Sekolah Tinggi Sastra dan Budaya di Batavia (1929). Sementara itu, di Bogor dikembangkan Sekolah Tinggi Pertanian. Kelima Sekolah Tinggi tersebut merupakan cikal bakal fakultas-fakultas di bawah naungan Nood Universiteit (Universitas Darurat) yang didirikan pada tahun 1946 di Jakarta, pada masa awal pendudukan Belanda pasca Perang Dunia ke-2.
Nood Universiteit pada tahun 1947 berganti nama menjadi Universiteit van Indonesie yang berkedudukan di Jakarta. Beberapa Guru Besar nasionalis (diantaranya Prof. Mr. Djokosoetono), mengoperasikan Universiteit van Indonesie di Ibu Kota Republik Indonesia yang pada saat itu berada di Jogjakarta. Kegiatan akademik tersebut terpisah dari Induknya di Jakarta yang masih berada dalam kekuasaan Belanda. Pada tahun 1949, pengakuan kedaulatan Rl oleh Belanda berlangsung dan Ibu Kota kembali dipindahkan ke Jakarta. Universiteit van Indonesie Jogjakarta dipindahkan kembali ke Jakarta. Hampir bersamaan dengan hal tersebut didirikanlah Universitas Gadjah Mada di Jogjakarta di tahun 1949.
Fakultas-fakultas diluar Jakarta pada tahun 1960-an berdiri sendiri. Universitas Indonesia di Jakarta mempunyai kampus di Salemba dan terdiri dari beberapa Fakultas seperti: Kedokteran, Kedokteran Gigi, Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Sastra, Hukum, Ekonomi, dan Tehnik. Pada perkembangan selanjutnya berdirilah Fakultas Psikologi, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Kesehatan Masyarakat, llmu Komputer dan kemudian Fakultas Keperawatan.
Kampus Salemba untuk kegiatan akademik Fakultas Kedokteran dan Fakultas Kedokteran Gigi. Jumlah seluruh area yang menjadi aset tanah Universitas Indonesia adalah sekitar 350 ha atau sekitar 3.500.000 M2 (di Jakarta Pusat, Depok, Tangerang, dan Jakarta Timur).
Pada tahun 2000 Universitas Indonesia menjadi salah satu Perguruan Tinggi dengan status Badan Hukum di Indonesia. Hal ini mengawali implementasi gagasan otonomi kampus yang meliputi dua hal sebagai berikut: Pertama, otonomi dalam hal pengembangan akademik. Kedua, adalah otonomi pengelolaan keuangan. Otonomi tersebut memberi ruang bagi Universitas Indonesia untuk berkembang dan memainkan peranan yang mendasar di era masyarakat berbasis pengetahuan (knowledge-based society).
Dari catatan genealogis di atas, penting direnungkan bahwa kelangsungan Ul seiring dengan perkembangan peradaban Indonesia khususnya dalam dunia akademik. Dapat dikatakan bahwa Ul merupakan cikal bakal dan titik tolak pencerahan untuk Indonesia modern. Ul menjunjung nama Indonesia dan hal ini merupakan kebanggaan sekaligus tanggung jawab.
Dalam kaitan ini, Universitas Indonesia sebagai "universe", selayaknya mempunyai kapasitas untuk menjadi motor peradaban dan kemanusian mencapai "kemajuan" yang tidak abai pada keseimbangan antara orientasi nilai-nilai akademik, dengan moralitas dan seni. Dengan demikian, peradaban bangsa dan kemanusiaan di Republik ini di masa datang seyogyanya ditandai oleh terciptanya kemajuan, keadaban, kemakmuran, keadilan, kedamaian, demokrasi, serta keseimbangan dan kelestarian lingkungan hidup.